戦国の世にその名を知られた瀬戸内海の覇者村上水軍。
だが豊臣秀吉によって天下統一がなされた今、「海賊禁止令」などによって、その覇権は奪われつつあった。最後の抵抗を試みる能島村上水軍に対するは、かつて村上水軍によって苦渋を舐めさせられた九鬼水軍。両者は激しく戦い、海戦は幾度も重ねられた。当初は優勢だった能島村上水軍も、日本を束ねる秀吉を後ろ盾に持つ九鬼水軍の前に徐々に追い詰められ、最終的には屈することになる。
この戦いの記録の中に、御剣平四郎の名を見ることができる。彼は戦の初期において縁ある村上水軍に加勢した。